1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個(gè)海洋。與此同時(shí)，地球外生物WORM亦開(kāi)始在世界各地繁殖。為了對(duì)抗在一瞬間支配了廣泛地區(qū)的WORM，人類成立了對(duì)WORM組織ZECT。ZECT開(kāi)發(fā)出幪面超人系統(tǒng)，投入戰(zhàn)場(chǎng)與WORM展開(kāi)激戰(zhàn)，時(shí)間就在這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)中渡過(guò)了七年。2006年，在這個(gè)沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因?yàn)椴粷M組織的束縛而結(jié)成獨(dú)立團(tuán)體NEO ZECT，而ZECT亦開(kāi)始對(duì)這群背叛者進(jìn)行肅清。就在這時(shí)，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現(xiàn)，令戰(zhàn)局產(chǎn)生極大變化。ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，于是提出「天空之梯子計(jì)劃」，于大氣層的太空站設(shè)置巨型CLOCK UP機(jī)器，制造轉(zhuǎn)移空間把彗星拉往地球，制造出莫大的水源。透過(guò)這個(gè)計(jì)劃，ZECT的權(quán)力就會(huì)越趨龐大，足以支配地球。ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發(fā)動(dòng)「天空之梯子計(jì)劃」，而從天道手上得知這項(xiàng)情報(bào)的NEO ZECT，亦決定搶奪這個(gè)計(jì)劃，壓抑ZECT繼續(xù)增大權(quán)力。為了組織而戰(zhàn)的ZECT戰(zhàn)士大和鐵騎與矢車想；為了自由而戰(zhàn)的NEO ZECT戰(zhàn)士織田秀成和風(fēng)間大介；為了最愛(ài)的日和而戰(zhàn)的加賀美新，還有目的完全不明的天道總司；以及身份神秘的黃金假面騎士。在各人思想交錯(cuò)的漩渦中，假面騎士的戰(zhàn)斗已延伸到浩瀚宇宙…